MCBE współpracuje ze wszystkimi Wydziałami i Laboratoriami Politechniki Krakowskiej, ze szczególnym uwzględnieniem jednostek zajmujących się budownictwem energooszczędnym: Laboratorium Inżynierii Wiatrowej, Laboratorium Badania Odkształceń i Drgań Budowli oraz Laboratorium Materiałów i Konstrukcji Budowlanych. Współpraca ta ma na celu stworzenie spójnej i kompleksowej oferty biznesowej.
